De naam Kaprijke komt zeer waarschijnlijk van de Gallo-Romeinse naam "Capriacum" wat zoveel betekent als 'Goed van Caprius' (Caprius is een persoonsnaam). Er is voor het eerst sprake van het huidige Kaprijke rond de 13e eeuw, na een periode van zes eeuwen verlatenheid. De Romeinen, die de nederzetting bouwden, sloegen immers in de 5de eeuw op de vlucht voor invallende Germanen. In 1240 kreeg Kaprijke een keure van Johanna van Constantinopel waarmee het dus stadsrechten had. Gedurende de Middeleeuwen was een groot gedeelte ervan met heide en moeras bedekt, en diende Kaprijke te worden beschermd tegen de vernietigende invloeden van de zee, dit werd gedaan door de aanleg van de Graaf Jansdijk.