De naam van de gemeente vindt men al terug in 1096, toen als "Out-Hulst", als naam van het bos van Houthulst dat aan de graven van Vlaanderen behoorde. Het bos werd door senator Jan-Pieter Cassiers gekocht in 1838, die er na zijn huwelijk een kasteel bouwde. Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd Houthulst en het Vrijbos verwoest. Na de oorlog werd geijverd voor een zelfstandig bestuur voor Houthulst. Het dorp was tot dan toe nog een deel van Klerken. In februari 1926 legde het gemeentebestuur de grens vast tussen Houthulst en Klerken. Op 11 april 1928 werd Houthulst afgescheiden van Klerken.