Recente studies over de bouwgeschiedenis van de kerk naar aanleiding van de restauratie schetsen het ontstaan van de parochie midden 9de eeuw binnen de Fiscus Madlingem of het grafelijk domein, met de schenking van het patronaat door Lodewijk de Vrome aan de bisschop van Doornik. In 1027 werden de inkomsten door bisschop Harduin geschonken aan de graven van Vlaanderen. In 1063 schenkt Boudewijn van Rijsel op zijn beurt het patronaat aan het door hem gestichte kapittel van Harelbeke. Vermoedelijk werd een eerste stenen kerkgebouw met basilicale aanleg en een kruisingstoren opgetrokken in de 11de eeuw. Kroniekschrijvers vermelden het bouwen of herbouwen van een aantal Sint-Pieterskerken waaronder die van Maldegem door Robrecht De Fries na zijn overwinning te Kassel in 1071. Materiële getuigen hiervan zijn tot op heden echter nog niet teruggevonden.