De gemeentenaam Waarschoot vindt zijn oorsprong in het Frankische ward (wacht, hoede) en het Germaanse skauto (spits toelopend stuk grond, meestal bebost, opduikend uit moerassig gebied) wat verwijst naar een Merovingische of Karolingische nederzetting. In de 13e eeuw begonnen de graven van Vlaanderen met de ontginning van de woeste gronden en werden er wegen aangelegd. In 1444 werd in de bossen van Waarschoot een priorij van Cisterciënzers opgericht die er tot 1649 een bloeiende gemeenschap hadden. In de 16e eeuw en de 17e eeuw had Waarschoot veel te lijden van langdurige bezettingen. Land- en bosbouw en handweefnijverheid vormden tot in 19de eeuw de belangrijkste bron van inkomsten van de gemeente.