Het dorp Kruibeke ontstond als een gehucht van Bazel, rond het kasteel van Altena. De naam zou verwijzen naar de vele kruiden die rond een van de beken aldaar groeiden, maar als naam van een beek is hij in ieder geval niet bewaard gebleven. De huidige schrijfwijze verscheen op 21 juni 1929 in het Belgisch Staatsblad. Pas in de 13e of 14e eeuw werd het dorp onafhankelijk van Bazel. In 1262 behoorde Cruebeke aan de familie Van Ghendt, bewoners van dat kasteel. Op 1 januari 1977 werd Kruibeke samen met Bazel en Rupelmonde opgenomen in de fusiegemeente Kruibeke.